A implantação do Campus Naviraí do IFMS, assim como os de Dourados e Jardim, fez parte da terceira fase da expansão da Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica.

As atividades da instituição no município tiveram início no segundo semestre de 2014, em sede provisória situada na Escola Municipal Maria de Lourdes Aquino Sotana, na Rua Jerusa, nº 295, Vila João de Barros.

Os primeiros cursos ofertados foram o de qualificação profissional em Operador de Computador e em Recepcionista, por meio do Programa Nacional de Acesso ao Ensino Técnico e Emprego (Pronatec), do Governo Federal.

Em 2015, o campus passou a funcionar no Centro de Educação Profissional Senador Ramez Tebet, na Rua Hilda, nº 203, Bairro Boa Vista. O espaço foi cedido pela Secretaria de Estado de Educação (SED/MS). Na ocasião, ampliou-se a oferta de qualificação profissional.

A primeira turma do curso técnico integrado em Informática para Internet foi aberta em 2016. No mesmo ano, o campus iniciou a oferta do curso superior de Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas.

O ano de 2017 marcou a abertura do segundo curso técnico integrado da unidade, em Agricultura. Em 2018, o campus abriu a primeira turma do Bacharelado em Agronomia. 

A unidade oferece ainda cursos técnicos subsequentes em Agricultura e Informática para Internet, além da especialização em Educação Profissional, Científica e Tecnológica, destinada tanto a servidores da instituição quanto ao público externo.

A sede definitiva do Campus Naviraí está sendo construída na Rodovia MS 141, km 04, s/nº.