O IFMS iniciou as atividades em Ponta Porã em setembro de 2010, com a oferta de cursos técnicos subsequentes a distância em parceria com o Instituto Federal do Paraná (IFPR). Os encontros semanais presenciais ocorriam no Núcleo de Tecnologia Educacional Municipal (NTEM).

A autorização para o campus entrar em funcionamento foi concedida pelo Ministério da Educação (MEC) por meio da Portaria n° 79, de 28 de janeiro de 2011.

No mesmo ano, a sede provisória começou a funcionar nos campi da Universidade Federal de Mato Grosso do Sul (UFMS) e Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul (UEMS), situados respectivamente na Rua Itibiré Vieira, Km 4,5, s/nº, e Residencial Júlia Oliveira Cardinal e BR 463, Km 4,5.

Os primeiros cursos ofertados foram os técnicos integrados em Agricultura, Informática e Manutenção e Suporte em Informática, o último na modalidade Educação de Jovens e Adultos (Proeja).

No segundo semestre de 2011, foi aberta a primeira turma do curso superior de Tecnologia em Gestão do Agronegócio, e ampliada a oferta de cursos técnicos a distância em polos instalados nos municípios de Antônio João, Aral Moreira, Eldorado e Ponta Porã.

Em 2012, o campus iniciou a oferta de cursos técnicos a distância pelo Programa Rede e-Tec Brasil e de qualificação profissional pelo Programa Nacional de Acesso ao Ensino Técnico e Emprego (Pronatec).

O ano de 2013 ficou marcado pela mudança para a sede definitiva, localizada na Rodovia BR 463, Km 14 (saída para Dourados). A unidade agrária possui 25 hectares de área. Os mais de 6 mil m² de área construída são distribuídos em quatro blocos para atividades de ensino, pesquisa e extensão, além dos setores administrativos.

No mesmo ano, a unidade passou a ofertar o curso técnico integrado em Fruticultura, pelo Proeja. O bacharelado em Agronomia, segundo curso de graduação oferecido pelo campus, foi aberto em 2015.

O campus também oferece os cursos técnicos subsequentes em Agricultura e Informática para Internet e a especialização em Docência Profissional, Científica e Tecnológica, para servidores da instituição e público externo.