As atividades do IFMS em Corumbá tiveram início no segundo semestre de 2010, em instalações cedidas pela Prefeitura Municipal e reformadas pela instituição. Na sede provisória, situada na Rua Delamare, nº 1.557, Bairro Dom Bosco, foram oferecidos os primeiros cursos a distância em parceria com o Instituto Federal do Paraná (IFPR).

Com a Portaria nº 79, de 28 de janeiro de 2011, o Campus Corumbá teve autorização do Ministério da Educação (MEC) para entrar em funcionamento. Começou, então, a oferta dos cursos técnicos integrados em Informática, Metalurgia e Manutenção e Suporte em Informática, o último na modalidade Educação de Jovens e Adultos (Proeja).

O ano de 2011 também marcou a ampliação da oferta de cursos técnicos a distância em Corumbá e no município vizinho, Ladário, além da abertura do primeiro curso de graduação do campus, o superior de Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas.

Em 2012, iniciou-se a oferta de cursos de qualificação profissional, por meio do Programa Nacional de Acesso ao Ensino Técnico e Emprego (Pronatec).

No mesmo ano, foi realizada a primeira edição da Feira de Ciências e Tecnologias do Pantanal (Fecipan), evento anual que reúne trabalhos desenvolvidos por estudantes de escolas públicas e privadas do município e região.

A ampliação dos cursos ofertados prosseguiu nos anos seguintes por meio dos programas Rede e-Tec Brasil (educação a distância) e Pronatec (qualificação profissional), em Corumbá e Ladário.

Em 2015, o campus abriu um novo curso de graduação, de Tecnologia em Processos Metalúrgicos. No mesmo ano, o curso superior de Tecnologia em Análise e Desenvolvimento de Sistemas obteve a maior nota do Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes (Enade) entre os cursos da mesma área oferecidos no país.

No primeiro semestre de 2018, tiveram início as atividades administrativas e de ensino na sede definitiva do Campus Corumbá, construída na Rua Pedro de Medeiros, s/nº, Bairro Popular Velha.

A unidade também oferece a especialização em Docência para Educação Profissional, Científica e Tecnológica, destinada tanto a servidores da instituição quanto ao público externo.